В Team Fortress 2 описывается мир второй половины двадцатого века (примерно 1965 год), в котором тайно противоборствуют две секретные организации — RED и BLU. «Три телевизионных канала, одна телефонная компания и две корпорации, секретно контролирующие все правительства на планете».[4][5]

RED — сокращение от Reliable Excavation & Demolition — Надёжные Раскопки и Подрывные Работы. Известно, что компания RED специализируется на раскопке водохранилищ и шахт, подрывных работах, производстве хлеба и пива. На самом деле RED является прикрытием для крупной шпионской организации.[6] RED пишется также, как и название красного цвета в английском языке (англ. Red)[7] о чём говорит и цветовая гамма организации. Постройки RED и её оборудование выполнены в красных и жёлтых тонах, основные строительные материалы — дерево, красный кирпич и металлические листы тёмно-красного цвета. В силу того, что данная организация специализируется на сносе и раскопках, ей присущ «простой» сельский стиль построек и неряшливость.

BLU — сокращение от Builders League United, Объединённая Лига Строителей — компания специализирующейся на строительстве, выработке гидроэлектроэнергии, производстве молока. Аналогично RED, BLU является прикрытием для большой шпионской организации.[8] Название организации схоже с названием синего цвета в английском языке (англ. Blue)[7], который является основным для цветовой гаммы организации. Постройки BLU выполнены в синих и белых цветах из белого кирпича и металла.

Фанерный муляж коровы на карте 2fort. Типичный для Team Fortress 2 образ. Под видом обычной фермы скрывается шпионская база с разведданными.

RED и BLU ведут непримиримую борьбу за право безраздельного владения миром, которая принимает различную форму деловой и недобросовестной конкуренции, в том числе и форму вооружённых столкновений между специально нанятыми наёмниками — классами Team Fortress 2.[4] Столкновения принимают форму контроля территории, захвата важных точек земли, уничтожения баз противников и промышленного шпионажа.

Столкновения между компаниями происходит на различных индустриальных объектах, таких как шахты, водохранилища, карьеры и электростанции. Нередко под видом таких организаций скрываются секретные шпионские базы корпораций, компьютерные центры и ракетные бункеры.

Несмотря на то, что RED и BLU — две совершенно противоположные, непримиримо враждующие организации с противоположными областями специализации, вполне возможно, что они имеют общее секретное руководство, известное как TF Industries или Spytech. Данная организация имеет отношение ко многим технологиям, которые присущи обеим компаниям, например таким как Автоматические турели и Раздатчики.[9] Об общем управлении также говорит и тот факт, что обе команды слышат один и тот же женский голос, который зачитывает игровые сообщения (известный как Комментатор, англ. The Announcer).

Игроку предстоит поучаствовать в извечном противостоянии двух корпораций в борьбе за власть, приняв сторону одной из них в качестве наёмника.