Основной идеей разработчиков был перенос культовой Counter-Strike на новый игровой движок, не задевая игровую механику оригинала. В сущности, CS:S имеет минимальные отличия в игровом плане от своего предшественника. Были переработаны хитбоксы, улучшен сетевой код и исправлены старые баги. Помимо этого, было увеличено вдвое (до 64) максимально допустимое количество игроков на сервере. Используются более чёткие текстуры, средний размер которых 512×512 пикселей (128×128 в оригинале), а также высоко полигональные модели. Широко используются возможности движка, связанные с зеркальными отражениями — у оружия снабжённого оптическим прицелом, можно видеть окружающую обстановку сзади игрока на линзе прицела, когда оно находится в не приближённом состоянии. Звуковые эффекты теперь соответствуют акустическим условиям, введена поддержка Surround Sound 5.1 и 7.1. Новые возможности движка помогли сделать карты более детализированными, появились валяющиеся на земле бутылки, пакеты, шины на которые также действует физическая модель. Физика полёта гранат, а также эффекты поражения гранатами изменены в сторону большей реалистичности.
Большинство оружия идентично Counter-Strike 1.6, за исключением щита, который был доступен контр-террористам. В поздних версиях покупка патронов стала производиться автоматически в начале раунда и при покупке нового оружия. Патроны теперь бесплатные и их можно пополнить вернувшись на место покупки и купив бронежилет.
